苹果疫腐病主要为害果实、根颈及叶片。果实受害后果面产生不规则形、深浅不匀的暗红色病斑，边缘不清晰似水渍状。有时病斑部分与果肉分离，表面呈白蜡状。果肉变褐腐烂后，果形不变仍呈球状，有弹性。病果极易脱落，最后失水干缩成僵果。在病果开裂或伤口处，可见白色绵毛状菌丝体。
苗木及大树根颈部受害时，皮层呈褐色腐烂，病斑环状割裂后，地上部枝条发芽迟缓，叶小色黄，最后全株萎蔫，枝干枯死。叶片染病，初呈水渍状，多从叶边缘或中部发生，后形成灰色或暗褐色不规则形病斑，湿度大时，全叶腐烂。
苹果疫腐病又称苹果疫病，受害果实开始表皮如水烫状，后呈褐色，果肉腐烂，也可侵害树木的根茎处，造成皮层腐烂，枝干发病称其为“茎腐病”。危害表现为叶变黄萎，并逐渐枯死，下垂不脱落。苹果树苗木枯死3～5天后，木质部脱离，内皮层腐烂成海绵状或粉末状，灰白色或褐色，其中生有许多黑色小菌核。髓部变褐色或中空，也有菌核产生。最后病害向根部扩展，使根系皮层腐烂。无论是果实或根茎，当湿度大时，均长出白色短毛。个别年份常严重发生。
苹果树当年生苗感染茎腐病轻的，偶尔有根部不死的，并自根颈处萌发新芽。苹果树茎腐病对一年生以上苹果树的危害最大。不同苹果树品种因茎部皮层组织的不同，该病对苹果树的危害也不相同。
