储藏期间主要是炭疽病，其防治方法是：贮藏的果实，必须严格挑选，带病的果实不能入窖。贮藏前，可用超微多菌灵可湿性粉剂1000-1200倍液，喷雾或浸沾，防病效果显著。在贮藏期间，将温度控制在10-15℃之间，抑制炭疽病菌的蔓延与危害。此外，黄瓜在贮运中，还会遭到灰霉菌、腐霉菌、疫霉菌的感染，从而引起瓜果腐烂。在采摘前，用1∶0.7∶200的波尔多液或0.1%多菌灵喷洒有一定的防治效果。
果蔬贮运过程中常常会发生病变腐烂现象，造成贮藏损失。病害发生的种类概括起来可分为2大类：一是由于贮运环境条件不适宜引起的生理病害，如冷害、冻害、气体伤害和药害等；二是由于病原菌侵染引起的侵染性病害。此外还有由于挤压、撞击等外部机械力及虫害造成的机械损伤。黄瓜贮藏中引起腐烂的主要侵染性病害有黄瓜炭疽病、黄瓜灰霉病、黄瓜绵腐病、黄瓜菌核病以及镰刀菌引起的腐烂病和细菌性软腐病等。
