水稻叶斑病的防治应以农业防治为主，特别是深耕改土和科学管理肥水，辅以药物防治。
一、农业防治
1.选择在无病田留种，及时处理销毁病稻草，深耕灭茬，以减少菌源。
2.根据水稻需肥规律，采用配方施肥技术，合理施肥，增加磷钾肥及有机肥，特别是钾肥的施用可提高植株抗病力。
3.酸性土壤需注意排水，并施用适量石灰，以促进有机物质的正常分解，改变土壤酸度。
4.实行浅灌、勤灌，避免长期水淹造成通气不良。
二、种子消毒处理
稻种在消毒处理前，最好先晒1~3天以促进种子发芽和病菌萌动，之后用风、筛、簸、泥水、盐水选种，然后进行消毒。种子处理方法参见"稻瘟病"。
三、药剂防治
重点在抽穗至乳熟阶段的发病初期喷雾防治，以保护剑叶、穗颈和谷粒不受侵染。病菌从根、茎、叶部的伤口或水孔侵入稻体，在维管束的导管中繁殖危害。苗期和分蘖期最易受害，秧苗叶片多表现叶枯症状。发病初期可喷洒36%甲基硫菌灵悬浮剂500~600倍液或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液。