病菌以菌核在土壤中越冬，子囊孢子借气流传播。温度15-20℃，相对湿度85%以上利于发病。偏施氮肥，长势衰弱或受霜冻害，抗病力下降，均可加重发病。菌核病混以在种子中的菌核，随播种带病种子进入田间，或遗留在土中的菌核遇有适宜温湿度条件即萌发产出子囊盘，放散出子囊孢子随气流传播蔓延，侵染衰老花瓣或叶片，长出白色菌丝，开始为害柱头或幼瓜。在田间，带菌雄花落在健叶或茎上经菌丝接触，易引起发病，并以这种方式进行重复侵染，直到条件不适宜繁殖时，又形成菌核落入土中或随种株混入种子中越冬或越夏。
黄瓜菌核病是保护地黄瓜栽培的重要病害，从苗期至成株均可发病，主要为害果实和茎蔓。果实染病多在残茬部，先呈水浸状腐烂，并长出。低温高湿多雨的季节，有利于病菌传播。连年种植葫芦科、茄科及十字花科蔬菜的田块，排水不良的低洼地，或偏施氮肥，或霜害、冻害条件下发病重。
