赤霉病是真菌病害，可以侵染小麦的各个部位，但在长江中下游麦区主要侵染穗部，症状是穗腐。在小麦开花至乳熟期，小穗颖片出现水渍状淡褐色斑点，进而扩展到全穗。气候潮湿时，感病小穗的基部出现粉红色胶黏霉层，后期产生煤屑状黑色颗粒。红色霉层是病菌的分生孢子座和分生孢子，黑色颗粒是病菌的子囊壳。此病苗期到穗期都有发生，可引起苗枯、基腐、穗腐和秆腐等症状，其中以穗腐为害最大。
穗腐：小麦在抽穗扬花期受病菌侵染，先在个别小穗上发病，后沿主穗轴向上、下扩展至邻近小穗，病部出现水渍状淡褐色病斑，逐渐扩大成枯黄色，后生成粉红色霉层(分生孢子)。后期出现黑色颗粒(子囊壳)。秆腐：初期在旗叶的叶鞘基部变成棕褐色，后扩展到节部，上面出现红色霉层，病株易折断。苗枯：幼苗受害后芽鞘与根变褐枯死。基腐：从幼苗出土到成熟均可发生，初期茎基部变褐变软腐，以后凹缩，最后麦株枯萎死亡。
春季气温7℃以上，土壤含水量大于50%形成子囊壳，气温高于12℃形成子囊孢子。在降雨或空气潮湿的情况下，子囊孢子成熟并散落在花药上，经花丝侵染小穗发病。迟熟、颖壳较厚、不耐肥品种发病较重；田间病残体菌量大发病重；地势低洼、排水不良、粘重土壤，偏施氮肥、密度大，田间郁闭发病重。
赤霉病是危害小麦植株较严重的一种病，在小麦植株出现赤霉病后，小麦的幼苗、茎杆、麦穗等部位都会出现腐烂现象，病害严重时会侵染整个植株。赤霉病多是由积水造成的，一般在遇到雨水天气时危害较为严重。在灌溉过度后或者遭遇连续的雨雪天气后，较易发生赤霉病。
