防治西瓜疫病需从多方面入手。首先，选用抗病品种并利用新高脂膜拌种，以保湿保温，驱避地下病虫，隔离病毒感染，增强萌芽吸胀功能，提高种子发芽率。其次，选择排水良好的田块，采用深沟高厢或高垄种植，雨后及时排水。整地下种后用新高脂膜600-800倍液喷施土壤表面，以保墒防水分蒸发，防晒抗旱、保温防冻，隔离病虫源并窒息式消灭，提高种子出苗率。
在田间管理上，前期应控制浇水，勤中耕，松土、晒土，遇寒流可通过浇水来提高棚温。随着天气转暖，及时浇水但不宜过大，做到浇水不见水。到结瓜后期要加大水量，采收前几天则控制肥水以提高品质。大棚西瓜每667平方米追肥量为饼肥200公斤、尿素15公斤，施足团棵肥和膨瓜肥。
人工授粉是大棚西瓜种植的重要环节。由于定植早、外界气温低、昆虫活动少，自然授粉难，因此必须进行人工辅助授粉。方法是用深色布在雄蕊上轻抹，观察布上是否沾满黄色花粉，若已散粉，则摘下雄花，去掉花瓣在雌花柱头上轻抹即可。一般1朵雄花可授1～3朵雌花，宜在晴天上午7－9时进行。
药剂预防与治疗也是关键。播前种子用55℃温水浸种15分钟，或20%甲基立枯磷乳油500～700克拌种子100千克。发病前使用氟吡菌胺霜霉威(银法利)可湿性粉剂600倍等药剂灌根或喷雾。发病后可喷洒72%霜脲锰锌(克露)可湿性粉剂700倍液等药剂，隔7～10天一次，连续防治3～4次。必要时可用上述杀菌剂灌根，每株灌兑好的药液0.25～0.4升，喷洒与灌根同时进行可明显提高防效。
