水稻纹枯病从苗期至穗期均可发生，一般在分蘖盛期开始发生，拔节期病情发展加快，孕穗期前后是发病高峰，乳熟期病情下降。该病属高温高湿型病害，适宜范围内，湿度越大，发病越重。田间小气候相对湿度为80%时，病害受到抑制，71%以下时病害停止发展；气温18-34℃都可发病，以22-28℃最适，因此，夏秋气温偏高、雨水偏多，有利于病害的发生和发展。田间菌源量与发病初期轻重有密切关系，历年重病区、老稻区、田间越冬菌核量大时，易导致初期发病较多。水稻栽插密度过大，稻田偏施、迟施氮肥，连续灌深水、连年重茬种植，有利于病害发生。粳稻品种一般较易感病，籼型杂交稻比较耐病。
小麦纹枯病的发生发展与日均温度关系密切。当日均温度在10℃以下时，病害发展缓慢；日均温度超过15℃，病情加重；20-25℃则迅速发展，病株率和病害严重度都急剧上升；当气温达30℃左右时，病害发展基本停止。春季多雨潮湿的天气，有利于病菌的发生和发展。冬麦播种过早，密度过大，偏施氮肥，麦苗生长过旺，发病重。常年连作、麦田草害严重、土壤或田间湿度过大，发病重。施用带病残株而未经腐熟的粪肥等，也有利于发病。
病菌以菌丝或菌核在土壤和病残体上越冬或越夏。播种后开始侵染为害。在田间发病过程可分5个阶段即冬前发病期、越冬期、横向扩展期、严重度增长期及枯白穗发生期。冬前发病期小麦中发芽后，接触土壤的叶鞘被纹枯菌侵染，症状发生在土表处或略高于土面处，严重时病株率可达50%左右。越冬期外层病叶枯死后，病株率和病情指数降低，部分季前病株带菌越冬，并成为翌春早期发病重要侵染源。
上茬农作物携有纹枯病病菌散落在土壤中、带有该病菌未腐熟的农家肥、收割机收割带有纹枯病的病菌跨区域收割后造成病菌的传播、小麦留种携带有纹枯病病菌等都可造成纹枯病的发生。早播种、播种量大、氮、磷、钾肥配合施撒不合理，造成抗病能力差，也是纹枯病侵染的原因之一。连续的阴雨天气、气温低也会造成纹枯病的发生。
