小麦锈病的防治应采取综合措施。首先，因地制宜种植抗病品种是基本措施。小麦收获后应及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗，减少越夏菌源。同时，搞好大区抗病品种合理布局，切断菌源传播路线。
在栽培管理方面，应合理密植，增大田间通风透光能力，及时排除田间积水。播种前可用三唑酮拌种，拌种后闷种4-6小时，可有效控制发病。生长中增施磷、钾肥，并注意及时排水降低湿度。
药剂防治方面，可用15%粉锈宁可湿性粉剂、20%粉锈宁乳油、25%粉锈宁可湿性粉剂兑水喷雾，若病情严重可酌情加大药量。发病初期可喷施三唑酮可湿性粉剂或丙环唑。小麦拔节至孕穗期，若病叶普遍率达2%～4%，严重度达1%时，667m²可用12.5%特谱唑可湿性粉剂20～35g，对水50～80L喷施，既可防治锈病，又可兼治叶枯病和纹枯病。
小麦锈病的发病条件是低温高湿，因此防治时应特别关注环境因素，采取综合防治措施。
