秸秆还田可分为直接还田和间接还田。直接还田主要有机械粉碎翻压还田、覆盖还田和留高茬还田三种方式，其中水热条件好、土地平坦、机械化程度高的地区更适宜秸秆直接粉碎翻压还田。间接还田包括秸秆沼肥还田、过腹还田、菌糠还田、堆沤还田、外置式秸秆生物反应堆“气”、“渣”、“液”综合利用以及草木灰还田等8种方式。目前，国外以秸秆粉碎翻压还田和覆盖还田为主，间接还田则以过腹还田为主。
秸秆粉碎翻压还田是将作物收获后的秸秆通过机械化粉碎后直接翻压在土壤里，具有改善土壤理化性质、保留秸秆营养物质、提高化肥利用率以及增强作物抗旱抗盐碱性等优点。间接还田主要包括堆沤还田和过腹还田。就地焚烧秸秆不可取，因为焚烧过程中大量氮素飘入大气造成污染，仅留下田间灰分，同时影响交通并易引发火灾。