农业防治首先需精选品种和整好育苗地块，选择优质品种并进行浸种+种衣剂处理，适期播种。实行与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。田间管理方面，精耕细整土地，悉心培育壮苗，移植时尽量不伤根，保证不积水沤根，施足基肥。定植后根据气温变化适时适量浇水，喷施促花王3号和辣椒壮蒂灵，增强植株营养匹配功能和抗病能力。控制定植后温度在20～30℃，地温25℃，湿度不高于90%，使幼苗茁壮成长。
轮作换茬安排上要与大白菜、甘蓝、大蒜、大葱等作物实行5年以上的轮作，以减少或杜绝辣椒根腐病的发生。科学管理防止积水，整地时挖好排水沟，采用垄栽，做成90厘米的垄距，一垄栽双行，利于提早封垄和通风采光。中后期追肥采用配制好的复合肥母液随浇水时浇施，或顺垄撒施后浇水，防止人为管理造成辣椒根部受伤。
发病田的隔离措施包括在辣椒田里发现植株萎蔫时立即拔除并带出田外烧掉，用土拌石灰掩埋辣椒株附近，随后封闭全田。药剂灌根方面，在辣椒移栽时使用安润进行灌根，一套兑水200斤使用一亩地。
