水稻分蘖期发病时,近土表茎基部叶鞘上出现水浸状椭圆形斑,逐渐扩展为边缘褐色、中间枯白的不规则形大斑。剥去叶鞘可见根节部变黑褐,有时伴有深褐色纵条,根节腐烂并散发恶臭,植株心叶青枯变黄。拔节期发病时,叶片自下而上变黄,近水面叶鞘边缘褐色,中间灰色长条形斑,根节变色并伴有恶臭。穗期发病时,病株先失水青枯,后形成枯孕穗、白穗或半白穗,根节变色且侧生根短而少,散发恶臭味。水稻细菌性基腐病的独特症状是病株根节部变为褐色或深褐色腐烂。病株先在近土表茎基部叶鞘上产生水渍状椭圆形或长梭形病斑,后渐向上扩展成边缘褐色、中间枯白色的不规则形大型病斑,可延及大部分叶鞘。