辣椒青枯病的防治必须因地制宜，综合实行各种有效的防治措施。综合防治策略是：以抗病品种为基础，田间管理为重点，在控制菌源前提下，加强农业措施，辅以药剂防治。
农业防治：
1.实行轮作。有计划地轮作，能有效降低土壤含菌量，减轻病害发生。
2.改良土壤。
3.优化栽培方式。采用高垄或半高垄栽培方式，配套田间沟系，降低田间湿度，同时增施磷、钙、钾肥料，促进作物生长健壮，抗病能力提高，能减轻青枯病发生。
4.培育壮苗。采用营养钵、肥团、温床育苗，培育矮壮苗，以增强作物抗病、耐病能力。
5.喷施微肥。喷施微肥可促进植株维管束生长发育，提高植株抗耐病能力。
药剂防治：
预防方案：专业植物疫苗进行灌根、冲施、叶面喷洒，7—10天灌1次，连灌2-3次。田间疾病连片发生时，应用100—200mg/kg农用链霉素或新植霉素或4%嘧啶核苷类抗菌素或高科甲霜恶霉灵灌根。
实行轮作青枯病可危害多种茄科作物,前茬作物为番茄、茄子、辣椒、豆类等均不宜种植辣椒,尽量与禾本科作物或瓜类4年以上轮作。提早播种。青枯病一般6月上中旬发生,为了避免发病高峰期与结果盛期相遇,可提早播种。选择排水良好的沙壤土栽培。土壤深翻后喷洒新高脂膜800倍液,给土壤,保温保墒,有利于种子。
一旦发现病株，应立即剔除并烧毁。发病期要预防性喷药，常用农药有14％络氨铜水剂300倍液，77％可杀得可湿性微粒粉剂500倍液，72％农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，每隔7-10天喷1次，连续防治3-4次。也可用SD％敌枯双可湿性粉剂800-1000倍液灌根，每隔10—15天灌根1次，连续灌2～3次。
辣椒青枯病的防治选用抗病品种，实行轮作，适当增施石灰调节土壤酸碱度，实行高窄畦深沟栽培,避免漫灌或深水长时间沟灌，避免施用未充分腐熟的土杂肥或及早拔除并妥善处理病株，随即淋药封锁发病中心等防治环节。
