复合肥是通过化学反应合成的高效肥料，其养分含量均匀，颗粒大小一致。复合肥的生产工艺包括高塔造粒、氨酸造粒和喷浆造粒，这些工艺使得复合肥的养分利用率较高，达到60%左右。复合肥的养分释放均匀，不易流失，适合生产通用肥料，其氮、磷、钾各为15%，硫为30%。
而复混肥则是通过物理混合制成的，其生产工艺简单，主要通过滚筒造粒和圆盘造粒完成。复混肥的养分浓度较低，总养分一般不超过30%，且养分释放不均衡，利用率较低，大约40%。复混肥的配方比较灵活，适合生产配方肥，但养分含量上下波动大，颗粒硬度一般较小。
复合肥与复混肥的主要区别在于生产工艺、养分含量、养分利用率以及执行标准。复合肥是通过化学反应合成的，养分利用率高，颗粒硬度大，而复混肥是物理混合而成，养分利用率低，颗粒硬度小。在购买时，可以通过标识标准来区分，复混肥通常标示为GB15063-94，而复合肥则标示为企业标准。
总的来说，复合肥由于其高效的养分利用率和均匀的养分释放，更适合农业生产中的普遍需求，而复混肥则因其灵活的配方和较低的成本，在某些特定需求下仍有其应用价值。