病菌的菌核在土壤中或混在种子间越冬，借气流或病、健株接触传播，从生活力衰弱部位侵入，发病后病部又长出新的菌核。菌核可迅即萌发，也可在土壤中长期休眠。病菌喜温、湿条件，发育适温15～20℃，要求85％以上相对湿度，土壤高湿有利于菌核萌发。
发病初期，叶片或花梗尖端变色，逐渐向下扩展，引起葱株局部或全部枯死，仅残留新叶。病叶内可见白色棉絮状气生菌丝，病部表皮下散生黄褐色或黑色菌核。病株的叶和花梗先端变黄，逐渐向下扩展，后枯死下垂，后期病部变为灰白色，管状叶和根部长出白色至黑色不规则形菌核，有时数个菌核粘合成一片。叶尖黄变，呈灰白色枯萎，停止生长。接近地面部位和根呈褐色腐烂，生有白色霉层。随着病情进展，根全部腐烂、折断，接近地面部位生成芝麻粒状黑色菌核，疮痂状隆起。病害严重时，呈烫伤状枯萎、死亡。
定植于水田秋作的植株和早植植株枯死，可造成缺苗。越冬大葱和种用大葱，叶尖变为灰白色、枯萎。葱白黑变、腐烂，形成众多的芝麻粒状菌核。大葱、洋葱菌核病，菌核初白色，后表面变黑色鼠粪状，大小不等1．1～6．5×1．1～3．5毫米，由菌丝体扭集在一起形成。在秋播大葱苗床，叶尖黄变，呈灰白色枯萎，停止生长。接近地面部位和根呈褐色腐烂，生有白色霉层。随着病情进展，根全部腐烂、折断，接近地面部位生成芝麻粒状黑色菌核，疮痂状隆起。病害严重时，呈烫伤状枯萎、死亡。
发病初期叶片、花梗尖端先开始变色，以后逐渐向下发展，致植株局部或全部枯死，仅留新叶。病部可见棉絮状菌丝缠绕及由菌丛纠结成的黄白色至黄褐色或茶褐色菜籽状小菌核。幼嫩菌核乳白色或黄白色；老熟菌核茶褐色，致密坚实，表面光滑，易脱落。
