辣椒枯萎病发病原因主要有以下几个方面：
1.高温高湿环境下发病严重，夏季阴雨天发病偏重，雨后晴天病情发展迅速。
2.土壤潮湿、黏重、微酸、排水不良、多年连作、偏施氮肥等情况下易发病。土壤中根结线虫为害严重时，会加剧病害发展。地膜覆盖、温室大棚和深植条件下更容易发病。
3.种植密度大，株、行间郁敝，通风透光不良，发病重；氮肥施用过多，植株生长过嫩，抗性降低易发病。
4.肥力不足、耕作粗放、杂草丛生的田块，植株抗性降低，发病重。
5.种子带菌、肥料未充分腐熟、田间病残体多、有机肥带菌或肥料中混有本科作物病残体的易发病。
6.土壤黏重、偏酸、多年重茬，地势低洼积水、排水不良、土壤潮湿易发病；高温、高湿、连阴雨、日照不足易发病，特别是连续3天大雨或连阴雨过后骤晴，发病迅速而严重。
7.大棚栽培中，为保温不放风、排湿，导致湿度过大易发病。
病原菌为辣椒镰孢霉，属半知菌亚门真菌。病菌主要以厚垣孢子在土壤中越冬，或进行较长时间的腐生生活。通过灌溉水传播，从茎基部或根部的伤口、根毛侵入，进入维管束，堵塞导管，致使叶片枯萎。田间积水、偏施氮肥的地块发病重。病菌发育适温为24～28℃，最高37℃，最低17℃。在适宜条件下，发病后15天即有死株出现，潮湿，特别是雨后积水条件下发病重。
