微生物菌剂的作用主要体现在以下几个方面：1、提高作物产量。有效菌分泌的赤霉素、细胞分裂素、生长素等物质能刺激、调节和促进作物生长发育，从而增加产量。2、改善作物品质。通过分解和释放多种中微量元素，促进作物吸收，提升作物体内蛋白质、氨基酸、糖分等含量。3、增强作物抗逆性。有效菌分泌的抑菌物质、抗生素类物质和活性酶能抑制或杀死土传病害，降低病害发生概率，增强作物抗旱、耐寒、抗倒伏及抗盐碱能力，并预防生理性病害。4、提高化肥利用率。有效菌分解土壤有机质生成腐殖酸，与氮形成腐殖酸铵，减少氮肥流失，同时具有解磷、解钾作用，将无效态的磷、钾转化为有效态。5、改善土壤环境。有效菌促进难溶性养分溶解和释放，提高土壤养分供应能力；分泌的胞外多糖增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高通透性和保水保肥能力，增加有机质含量，改善养分供应状况。