防治幼苗立枯病主要采取栽培管理与药剂消毒相结合的方法。土壤消毒常用的消毒剂有五氯硝基苯和福尔马林。每平方米用五氯硝基苯8克制成药土，铺盖土表厚1厘米左右；或用40%福尔马林50克加水10千克，浇灌育苗床土1平方米，然后用草帘覆盖7～10天，揭帘放气后即可育苗。种苗出土20天左右，严格控制浇水，适当通风，是防治立枯病的关键。一般在播种前苗床灌足水，播种后一般不浇水，以防湿度过大容易发病。幼苗出土后，可喷1%波尔多液或50%代森铵200倍液；50%甲基托布津800倍液，以消灭土表病菌。发现个别幼苗发病，应立即拔除，并喷药保护，以防蔓延。少量盆播育苗，应选用素沙土和新瓦盆。土壤装盆前，经暴晒干透或用开水浇一下。加强苗床管理，播种时要疏松土壤，合理密植，及时间苗或分苗，浇水宜适量，注意提高地温，防止苗床出现低温高湿环境，谨防立枯病发病适宜条件的出现。这几年水稻育苗立枯病明显减少，能预防。现在都采取水稻种子包衣，就能有效防治水稻立枯病和恶苗病。水稻育苗必须使用含有药剂的营养土。