玉米穗腐病主要危害玉米的果穗及籽粒。果穗受害后,顶中部开始变色,出现粉红、黑灰、蓝绿、暗褐或黄褐色霉层,即病原菌的菌体、分生孢子梗和分生孢子,扩展到雌穗的1/3-1/2处,多雨或湿度大时可扩展到整个雌穗。籽粒受害后黯淡无光,干瘪缺水,内部空虚,常被交织的菌丝充塞。病果穗的苞叶被大量菌丝贯穿,黏结在果穗上不易剥离,果穗和苞叶间长出一层淡紫色霉层。受害早的果穗会腐烂,病穗的苞叶和果穗粘在一起,有时病穗间显现蓝黑色小粒点,后期受侵染的果穗会破碎。仓储玉米受害后,粮堆内外长出疏密不等、各种颜色的菌丝和分生孢子,并散发霉味。