苹果树腐烂病主要危害主干、主枝和较大的侧枝及辅养枝，致使皮层腐烂，有时也可侵害靠近皮层的木质部。症状分为溃疡型和枝枯型两类，以溃疡型为主。
溃疡型发病初期病部红褐色，稍隆起，组织松软，有酒糟味，常流出黄褐色汁液。后期病部失水下陷，长出黑色小点(分生孢子器)，雨后小黑点上溢出金黄色的丝状或慢头状的孢子角。病斑红褐色，圆形或不规则形，有轮纹，边缘清晰。病组织腐烂，略带酒糟气味。病斑在扩展时，中部常较快地形成黑色小粒点，散生或集生，有时略呈轮纹状排列。潮湿时亦可涌出黄色细小卷丝状物。病部表皮剥离。
枝枯型多发生在24年生小枝上。病部扩展迅速，常呈现黄褐色与褐色交错的轮纹状斑。病枝生长衰弱，开花多，但在落花后经常出现黄叶、果小等现象。当病斑环绕病斑一周时，病枝多在开花以后枯死。
