穗颈瘟稻瘟病是水稻重要病害之一，可引起大幅度减产，严重时减产。病苗基部灰黑，上部变褐，卷缩而死，湿度较大时病部产生大量灰黑色霉层。叶瘟分蘖至成熟期均可发生，典型病斑从病理解剂上可分为中赤部、坏死部和崩解部。最外层的黄色晕圈称中澎部，是病菌分泌毒素而引致的病变反应，该部细胞内叶绿体失色，体积缩小，原生质内出现许多空泡。内环及两端褐色纵线是坏死部，该部细胞尚未崩解，但已中毒坏死。中央灰白色悬崩解部，该部细胞内含物及细胞壁均已崩解。
苗瘟因秧苗受害时期不同，分为苗瘟和苗叶瘟。苗瘟多由种子带菌引起，一般在三叶期以前发生，秧苗变褐枯死。三叶期以后发生的称为苗叶瘟，常发生于晚稻秧田和塑料薄膜育秧的田块。中国北方稻区苗叶瘟基本不发生，中国南方稻区，早、中晚稻秧田均有不同程度的发生，以晚稻秧田为重，发病症状与该田期叶瘟相似。