大葱根腐病与沤根症状相似，属真菌性病害，由腐霉、镰刀菌、疫霉等多种病原侵染引起。病菌在土壤中或病残体上越冬，成为翌年主要初侵染源，通过根茎部或根部伤口侵入，借助雨水或灌溉水传播蔓延。重茬是造成大葱根腐病的关键因素，连续多年种植导致土壤中病原菌增多，极易引发根腐死棵。若此时培土，植株伤口增加，病原菌更易侵入，加剧病害发生。
根腐病发生原因包括：1、地势低洼，土壤粘重，雨水过勤，排水不良；2、土壤板结透气性差，根系呼吸困难受阻，根部积水腐烂；3、高温天气下过量使用含氮量高的肥料，产生氨气或浓度过大导致根系细胞死亡，引起根部受伤易感染发病；4、地下害虫危害伤口未妥善处理，病菌从伤口侵入使根系发病；5、移栽或培土过程中田间管理操作碰触根系，病菌从伤口侵入，使根系感染发病。
根腐病会造成根部腐烂，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，最终全株死亡，主要表现为整株叶片发黄、枯萎。
