大葱褐斑病又称叶尖黄萎病，主要危害叶片，叶片染病易从上部开始，初为水浸状黄褐斑点，继而生成梭形病斑，斑中部灰褐色，边缘褐色，斑面上易产生黑色小点，即子囊壳，严重时，几大病斑融合，导致叶片局部干枯。
霜霉病主要危害花梗。发病初期花梗上出现黄白色或乳黄色较大侵染斑，纺锤形和椭圆形，之后病斑变成淡黄或暗紫色。病株萎缩，叶片畸形或扭曲，湿度大时，表面长出大量白霉。发病初期选用50％甲霜铜可湿性粉剂800-1000倍液、64％杀毒矾M8可湿性粉剂500倍液、75％的百菌清可湿性粉剂600倍液、70％代森锰锌可湿性粉剂500倍液、58％甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液等喷施防治，间隔7-10天喷药一次，连续喷药2-3次，建议药剂交替使用。
黑斑病主要危害叶和花茎。叶染病后出现褪绿长圆斑，初呈白色，迅速向上、下扩展，变为黑褐色，边缘具黄色晕圈。发病严重时病斑连成片，保持椭圆形，叶片变黄枯死或基部折断。发病初期选用50％扑海因可湿性粉剂1500倍液、75％百菌清可湿性粉剂600倍液、14％络氨铜水剂、1：1：100波尔多液等喷施防治，间隔7-10天防治1次，连续防治3-4次，建议各种药剂交替使用。
软腐病发病初期，喷洒50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或70%敌克松可湿性粉剂200倍液，也可随水灌根。紫斑病合理轮作，增施有机肥和磷钾肥，提高植株抗病力。葱锈病发病初期每隔10天喷洒一次代森锰锌、百菌清等药剂。
症状与病理变化：四肢、颈部、尾部及甲壳边缘部的皮肤发生糜烂；皮肤组织变白或变黄；患部不久坏死，产生溃疡；进一步发展时，颈部的肌肉及骨骼和四肢的骨骼外露，爪脱落。皮肤腐烂达到颈部骨骼露出时多数死亡。
