水稻稻曲病以菌核在地面或以厚垣孢子在稻粒上越冬，翌年菌核萌发产生厚垣孢子，再生小孢子及子囊孢子进行初侵染。该病与品种、气温密切相关，特别是抽穗扬花期遇雨及低温时发病较重。抽穗早的品种发病较轻，施氮过量或穗肥过重会加重病害。病菌在24-32度之间均能发育，26-28度为最适温度，低于12度或高于36度则不能生长。病菌主要在水稻抽穗扬花期侵染，灌浆期后病症显现，主要危害穗部谷粒。感病初期，颖壳合缝处可见淡黄绿色块状物，逐渐膨大并包裹整个颖壳，病粒比正常粒大3-4倍，呈墨绿色，表面平滑，后开裂散出墨绿色粉末。
水稻抽穗期前后，特别是孕穗后期，遇适宜温度和阴雨天气会诱发并加重病害。氮肥施入过多或偏晚、稻田长期灌水过多也会加重病害。品种间抗病性差异较大，杂交稻重于常规稻，两系杂交稻重于三系杂交组合，中晚稻重于早稻。稻曲病形成原因多样，包括土壤污染、湿度过大、温度过高、种植密度过大、施肥过重、药物中毒及田间水管理不当等。病菌在土中适宜条件下上升至叶片，抽穗期进入穗部形成孢子，未抽穗前孕破口期是防治关键，抽穗后难以防治。
稻曲病的发生与气候、品种、肥料等外因密切相关，破口前是病菌侵入的重要时期。破口抽穗期遇持续阴雨天气易发病，天气晴朗则发病较轻。抗病品种即使遇持续阴雨也不易发病，杂交稻重于常规稻，粳稻重于籼稻，晚稻重于中稻。氮肥使用会加重病害，缺磷田块也会加重，晚粳、晚稻优质高产高肥田块发病几率较高。
