链孢霉多经原料带入，因此木屑、麦麸、米糠等原料要新鲜、无霉变、无结块、无虫蛀。培养室要干燥、通风良好、防高温、防鼠患。一旦发现链霉菌，可用菇霉敌或甲醛注射受害部位。若分生孢子已经长到菌袋外面，可用煤油或柴油滴注涂擦，迫使萎缩致死。污染严重的菌袋可搬出室外，用土掩埋。在香菇菌丝持续萌发的条件下，链孢霉的竞争力并不及香菇，且在气温下降20℃以下时，链孢霉便逐渐消退，香菇菌丝仍可布满菌袋。受害的菌袋仍能正常出菇，但产量较低。毛霉菌丝生长茂盛、细长，气生菌丝如棉花状，孢子呈球形或椭圆形。长毛菌发生在培养料内，破坏其养分，影响香菇菌丝的正常生长。一旦在菌袋内发现，可用75%的酒精或菇霉敌二号注射患处，数天后即可逐渐消除。