柑桔入库贮藏时，可根据贮藏条件和库房大小选择贮藏方式，主要有“品”字形堆码、架贮和就地堆藏等。无论采用哪种方式，都应留有足够的通道和便于管理人员操作的空间。
柑桔贮藏期间要求库房门窗遮光，库内温度保持4－10℃，相对湿度85－90％，昼夜温差变化较小。贮藏初期，库房内易出现高温高湿，缩短柑桔寿命，这时要加强通风，尽快降低库房温湿度。当外界气温低于4℃时，要及时关闭门窗，用草堵塞通风口，加强室内防寒保暖，午间气温较高时通风换气。贮藏后期，当外界气温上升至20℃时，要关闭门窗，早晚换气或温度低于16℃时通风换气。当库房内相对湿度降到80％时，箱藏柑桔应覆盖塑料薄膜保湿，薄膜离地25－30厘米，切勿密闭；堆藏柑桔可覆盖干净稻草保湿。此外，可用地面洒水或盆中放水等方法提高空气湿度。柑桔贮藏期间要定期检查，随时剔除浮面烂果，但尽量不要翻动。