幼虫在果内取食为害，常使果实未熟先黄脱落，严重影响产量和质量。除柑桔外，尚能为害芒果、番石榴、番荔枝、阳桃、枇杷等250余种果实。柑橘小实蝇主要以幼虫为害，其成虫产卵于果皮内，孵化后幼虫潜居果瓤取食。但由于幼虫为害初期在果实内部，具有隐蔽性，很难察觉。幼虫蛀食果肉，造成果局部变黄，而后全果腐烂变臭，即使不腐烂，刺伤处凝结着流胶，畸形下陷，果皮硬实，果味苦涩，严重影响果实品质。被柑橘小实蝇“光顾”过的果树，落果比较严重，即使果实不脱落，采收贮存后也会变软腐烂，毫无商品性可言。此外，柑橘小实蝇的成虫也会对果实造成一定的危害。成虫羽化后，雌虫以产卵管刺伤寄主果实取食，从而造成果面伤痕。