辣椒根腐病主要危害辣椒根茎部及维管束。发病初始，病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复；发病中期，病株初期症状反复2-4天后，顶部叶片无法恢复，萎蔫症状向中下部扩散，浇水也无法减轻症状，再经2-3天，全株叶片全部娄蔫，但叶片仍呈绿色。发病后期，病株的根茎部呈淡褐色或深褐色腐烂，极易剥离，露岀木质部，可见维管束变褐色；潮湿时可见病部长出白色至粉红色黏质物，即病菌的分生孢子梗及分生孢子。
辣椒根腐病主要是由腐霉菌、镰刀菌、疫霉菌等多种病原侵染引起。发病初期，根部出现浅红色褐色不规则的斑块，随着病情的发展，病斑逐渐扩大，颜色逐渐变深呈暗褐色，所有根系坏死变褐。地上部分，发病初期外叶叶缘发黄、变褐、坏死至卷缩，病株表现缺水状，生长变缓，最后全株枯黄死亡。
病菌在土壤中或病残体上越冬，成为翌年主要初侵染源，病菌从根茎部或根部伤口侵入，通过雨水或灌溉水进行传播和蔓延。地势低洼、排水不良、田间积水、连作及棚内滴水漏水、植株根部受伤的田块发病严重。年度间春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。
当幼苗定植后，适宜的温度和水分环境会加速病菌在土壤中的繁殖，病菌从辣椒根部伤口部位或根尖入侵。发病严重时，植株生长发育不良，株型矮小，根系腐烂，最后植株枯死但叶片仍呈绿色。病菌能在土壤或随病残体在土壤中越冬，翌年侵染辣椒根部，而且病菌可在土壤中长时间存活。
