1.定植前药剂防治，做到无菌苗入地，可喷淋72.2%普力克600倍液+益微菌剂1000倍液。
2.定植时浇小水，避免大水漫灌。
3.缓苗后喷施两次药剂进行预防，第一次采用30%瑞苗清1500倍液+益微菌剂1000倍液，隔4-5天后，用银法利800-1000倍液再次喷淋1次，对番茄茎基腐病防效较佳。
4.农业防治实行轮作与非茄科作物轮作2年以上。土壤消毒，定植前每亩地用生石灰50~70千克撒于地面，然后翻地混拌均匀。避免偏施氮肥和大水漫灌。发现病株及时拔除，同时用生石灰消毒病穴。
5.种子消毒，种子在清水中浸泡3-4小时后，移入0.3％-0.5％硫酸铜溶液中浸泡5分钟，捞出后清水洗干净，可催芽播种。
6.药剂防治：用53％甲霜灵锰锌、64％杀毒矾进行苗床处理。以营养钵分苗，移栽前用恶霉甲霜灵1000倍液灌根后分苗定植。
7.幼苗发病喷75％百菌清600倍液，定植后至成株期发病，也可以喷36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，也可用50％福美双600倍液喷淋茎基部、灌根。
