初侵染病原来源于胡萝卜种子、土壤和病残体，病原菌可通过植株气孔、机械伤痕在任何时期直接侵入植株各个部位，侵入后在植株细胞内生长繁殖并扩散，导致植株发病。环境适宜时能向外分生孢子。带病种子以及病残体能使无菌土壤携带病菌，病土也能导致种子携菌，形成循环侵染，病害逐年严重。
胡萝卜黑腐病的发病规律：病原在种子或病残体上越冬。带菌种子播种后即可发病，致幼苗不能出土或不久后死亡。田间可通过灌溉水、虫伤或农事操作传播。高湿利于发病，生长期间多雨、土壤潮湿黑腐多；贮运期间湿度大腐烂严重。肉质根膨大期，地下害虫为害严重，造成的伤口多，易发病。病菌以菌丝体和菌核随病残体在土壤中越冬，病残体分解后病菌也可在土壤中腐生存活2~3年。在适宜条件下，病菌菌丝直接侵入植株引起发病。发病后期，病部病菌菌丝融合形成大小不等、暗褐色的片状菌核，贴附于根部。病菌主要通过雨水、灌溉水传播，农具及带菌粪肥也能传播。病菌对环境条件要求不严格，10~35℃菌丝均可生长，最适温度25℃左右，耐干、喜湿，适宜pH3~9.5，连作地易发病。
病原菌在种子、种株及病残体中越冬，病菌能从幼苗子叶缘的气孔侵入引起发病，成株期染病，病菌多由叶缘的水孔或害虫咬伤伤口侵入，逐层进入维管束，向上下扩展，在田间主要借雨水、昆虫等传播，天气多雨、地势低洼及连作的田块发病较重。
在酒泉，病菌主要在患病肉质根上越冬，也可在土壤内或病残茎叶上越冬。危害地下肉质根时，有无伤口均可侵入，但通常发展较慢，在秋季收获时很少表现严重症状。但在堆贮入窖后，则会逐渐发展为严重黑腐。病根上大量产生的分生孢子和菌丝体都可继续接触传病。当春季将带病种根定植到田间后，随地温的上升而快速发病，导致整个种根变黑腐朽，地上部分萎蔫枯死。发病盛期多在6月份，24~26℃最适于发病。
