种子质量差：胡萝卜种子的寿命较短，一般室内贮藏2~3年发芽率只有30%。陈种子生活力较弱，发芽不良，影响幼根先端的生长，容易产生分叉根。在雨季收获的胡萝卜种子，由于光照不足，雨水过多，常出现胚发育不良的现象，播种这些种子也会产生叉根。
土壤问题：土壤中有碎石、砖、瓦块、树根等坚硬物阻碍主根生长，耕作层浅而坚硬的地块主根易生长受阻，产生分叉。土壤黏重，或土中有砖石、树根、废塑料薄膜等杂质，使胡萝卜的生长受阻而产生异形根。
施肥不当：施肥过量或施肥不均匀，可能导致胡萝卜根尖部位土壤EC值过高，引起胡萝卜分叉。施用新鲜厩肥，肥料在土壤中发酵、发热，或化肥使用浓度过高，胡萝卜的主根在土中受损以后产生侧根，地上部分积累的养分贮藏在侧根中，而形成胡萝卜的异形根。
管理不当：浇水不合理，在胡萝卜主根膨大期如果遇干旱天气而不浇水，会使土壤过度坚硬而主根下扎不下去形成分叉。间苗过晚或定苗过密、过稀时，根系生长拥挤，主根弯曲，或营养面积过大，主、侧根同时肥大，都会形成胡萝卜的异形根。
地下害虫为害：蝼蛄、蛴螬等地下害虫对胡萝卜的主根咬食，使主根受到破坏，促使不定根生长出现分叉。土传病虫害如线虫病、蛴螬、蝼蛄类危害主根，主根受伤以后植株地上部分积累的营养物质贮藏到侧根中产生叉根。
