番茄畸形果的发生与品种、天气气候密切相关，尤其在开花期和授粉期受天气影响较大。预防畸形果需控制棚内温度和湿度。畸形果的直接原因是在花芽分化及发育时，营养土中化肥过多，导致土壤速效养分含量过高，根系吸收的养分积累在生长点，超过花芽正常分化与发育的需求，致使花器畸形，心室数量增多，生长不整齐，从而产生扁圆果、椭圆果、偏心果、双(多)圆心果等畸形果。低温环境（夜温低于8℃、白天温度低于20℃）及地温低、呼吸消耗少时，也会加重花器畸形。此外，过量施用磷肥或缺钙、硼也易导致畸形果。
种植前应对种子进行浸种消毒处理，消灭潜伏病菌，减少种子传播的病毒。种植时需施足底肥，生长期根据植株生长情况进行追肥，注意氮、磷、钾肥配合施用，并补充微量元素。选用耐低温、弱光性强的品种可减少畸形果发生。育苗期需加强温、光调控和肥、水管理，特别是在花芽分化期（发芽后25-30天、2-3片真叶时），夜温应控制在12-16℃，白天温度25-28℃，以利于花芽分化。避免偏施、过施氮肥，适量增施磷、钾肥，确保花芽分化及花器正常发育所需营养，防止多心皮及带状扁形花形成畸形果。
使用激素保花时需严格掌握浓度，避免重复处理；适时喷施含硼、钙等复合肥或叶面肥。发生畸形果后应及时摘除，以利于正常花果发育。加强水肥管理，合理施肥浇水，采用配方施肥，避免偏施氮肥，根据植株长势、天气情况及番茄需水量进行合理浇水，避免土壤忽干忽湿。植株出现徒长时，避免急剧降温、干旱“控苗”或滥用植物生长剂，应通过适度通风降温和控制湿度来调节。选用耐低温、抗旱涝、抗逆性强的良种，也是防止畸形果的经济有效措施。
