水稻缺锌症通常在插秧后2~4周内发生。发生之初,新叶中肋及其两侧退绿黄白化,有时可见叶片开展不完全,前端展开而中、后部褶合,出叶角度也略有增大等,这可能是因为基部中肋失绿失去弹性所致。黄白化区随时间进展而呈棕红或者赤褐色。叶鞘脊部有时也出现黄白化,所呈症状颇似螟虫蛀食形成的变色鞘。稍后,老叶叶身出现大量散生红棕色斑点,叶尖发红枯萎,故中、后期也表现为赤枯症状。轻症植株在进入拔节后,症状会渐次消失而恢复正常,其株型长相变化不大。重症植株显著矮缩,出现叶枕距平位或错位,有时稻苗秧田出生的老叶叶鞘高于本田出生新叶,故有“倒缩稻”之称。如病症延续至成熟,生长严重受抑制则植株极度矮缩,体色深浓,叶形变小、变短似竹叶,其叶鞘常比叶片长,不拔节,茎蘖散开而呈草丛状,其叶片发脆,稍经触动纷纷凋折。有的能抽纤细穗,但基本上不结实。水稻缺锌的时候叶片上会有棕色的锈状斑点,为卵圆形或者圆心,严重的时候叶脉部分会变为白色。新长出的叶片会失绿,会慢慢全部失绿。水稻顶端生长会受到抑制,叶尖部分向下变褐焦枯。整个植株都会变得矮小,少分蘖或者不分蘖。老叶片会下垂,发育迟缓,生长不旺盛,成熟期会延迟,产量大幅度降低。卷叶虫在水稻苗期受害影响水稻正常生长,甚至枯死;分蘖期至拔节期受害,分蘖减少,植株缩短,生育期推迟;孕穗后特别是抽穗到齐穗期剑叶被害,影响开花结实,空壳率提高,千粒重下降。