猪流感会导致患者突然发热、咳嗽、头痛、关节痛、鼻塞、全身乏力，严重时会出现腹泻和呕吐。病猪体温可升至40.3℃～41.5℃，甚至高达42℃，伴有咳嗽、呼吸困难、眼结膜潮红、眼鼻分泌物增多，有时鼻分泌物带血，畏寒怕冷，喜钻草堆。早期症状与普通人流感相似，包括发热、身体疼痛、头痛、咳嗽、喉痛、发冷和疲劳，部分患者可能出现肌肉痛、疲倦、腹泻、呕吐或眼睛发红。部分患者病情迅速恶化，如突然高热超过39℃，严重者可能发展为肺炎、胸腔积液、全血细胞减少、肾功能衰竭、败血症、急性呼吸窘迫综合征、肺出血、休克及Reye综合征、呼吸衰竭及多器官损伤，甚至死亡。肺部体征常不明显，部分患者可闻及湿罗音或有肺部实变体征。猪群各阶段均易感，深秋至次年春天为易感季节，感染后表现为高烧不退、扎堆喜卧、采食量骤降，部分猪有打喷嚏、咳嗽，鼻端流出透明或黄色鼻涕。发病初期病猪体温突然升高，厌食或食欲废绝，极度虚弱乃至虚脱，常卧地，呼吸急促、腹式呼吸、阵发性咳嗽，眼鼻流出粘液，鼻分泌物有时带血。