发病初期喷洒70%甲基硫菌灵可湿性粉剂700倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，或40%菌核净可湿性粉剂500倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液，隔7天1次，连续防治三四次。生菜菌核病是由核盘菌引起的病害，主要为害茎基部。茎发病最初病部为褐色水渍状，逐渐扩展至整个茎部，发展后成软腐状，引起烂帮子和叶片腐烂，湿度高时在被害部位产生棉絮状白色菌丝体，后期产生黑色鼠粪状菌核。
防治措施包括农业防治和化学防治。农业防治：选用抗病品种，培育适龄壮苗，苗龄6-8片真叶为宜。施用充分腐熟的堆肥。加强栽培管理：覆膜栽培，带土定植，地膜贴地或采用黑色地膜，抑制病源发展和喷射。合理施用氮肥，增施磷钾肥，在病原子囊盛期中耕，有杀灭病原作用，增施生物菌肥，也可抑制病原体。清除得病茎叶，摘除底部老叶残叶，带出田外进行消毁，从而促使菜苗健壮，减少菌源，减轻危害。收获后及时进行一次深耕，使多数菌核埋在6cm土层以下。不能轮作可以利用夏天高温季节进行土壤消毒，闷棚。如能与水田轮作，仅一季就可以淹死菌核。
化学防治：定植后发病初期可以使用菌核净，腐霉利，嘧霉胺等药剂轮换使用，每隔5~7天使用一次，连续2～3次。发病初期开始喷洒70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液，或65%甲霉灵可湿性粉剂1000倍液，5~7天喷1次。种植之前，要对土壤进行消毒，以免带菌土种植影响生菜的生长。在养护期间要及时通风，长出小苗之后喷洒一次杀菌药剂，或者粉末，可有效的对抗菌核病。
