症状仅危害辣椒根部。根部受害后形成肥肿畸形瘤状结。发病初期,地上部分没有明显的症状。重病株地上部生长衰弱、矮化,叶片颜色变淡,结果少而小。在干旱或晴天中午常出现萎蔫,严重时可枯萎。辣椒根结线虫为害后表现为上部叶片失绿黄化,生长缓慢,植株矮小,下部根部根变粗状,瘤状,根系发育差或不发育。辣椒感染辣椒根线虫后,生长停滞,叶缘发黄或枯焦,辣椒僵老萎靡,辣椒也僵化停止生长。在植株根部能见到侧根、须根上长出许多大小不等的瘤状物,有的呈串珠状,有的似鸡爪形状。一旦水分重时,更能引起病株根部腐烂。气候干燥时或中午前后,地上部植株会出现萎蔫症状,辣椒根线虫发病的后期导致植株枯死。根结线虫病,俗称“根上长土豆”,主要为害植株的根部,形成大小不等的瘤状根结,造成地上植株生长衰弱,逐渐死亡。