香葱锈病的病菌以冬孢子在病残体上越冬，温暖地区以夏孢子在葱蒜类蔬菜上辗转为害，或在生长寄主上活体越冬。条件适宜时产生夏孢子随气流传播进行初侵染和再侵染。夏孢子萌发后从寄主表皮直接或由气孔侵入，萌发适温9~18℃。香葱锈病主要侵害叶片、花梗。发病初期在其表皮上出现褪绿小点，以后长出近椭圆形稍隆起橙黄色疱斑，破裂后散出橙黄色粉末，即病菌夏孢子堆和夏孢子。秋后疱斑变为黑褐色，破裂时散出暗褐色粉末，即病菌冬孢子堆和冬孢子。大葱锈病以病原以冬孢子在病残体上越冬。病原随气流传播，从寄主表皮或气孔侵入，进行初侵染和再侵染。大葱锈病的萌发适温9～18℃，高于24℃萌发率明显下降，潜育期10天左右。