禽副伤寒的剖检见肝肿大，边缘钝圆，包膜上常有纤维素性薄膜被着，肝实质常有细小灰黄色坏死灶;小肠粘膜水肿、局部充血、常伴有点状出血;大肠也有类似病变，但其粘膜上有时有污灰色糠麸样薄膜被覆。确诊要靠病原鉴定。
1.急性病例：多表现肝、脾和肾红肿（雏鸡表现尤其明显）。
2.亚急性和慢性病例：肝肿大呈棕绿色，肝实质有灰白色粟粒大坏死灶。脾肿大1-2倍，亦有粟粒大坏死灶。心包积水或有纤维素性渗出物，心肌有凸起的灰白色坏死灶。卵泡出血、变形、变色，或形成卵坠性腹膜炎。
变化最急性者不见明显病变，仅见肝肿大、淤血、胆囊扩大、充满胆汁。病程稍长者可见消瘦、失水、卵黄凝固。肝、脾充血并有条纹状或针头状出血或针尖状灰白色坏死点。常有心包炎、小肠出血性炎症，盲肠扩张，肠腔内有黄白色干酪样物堵塞。10日龄内鸡常伴有肺炎病变。雏鸭可见肝肿大，古铜色，并有灰白色坏死点；盲肠内有干酪样物形成栓子，直肠扩大，充满秘结的内容物。肾脏苍白。
成鸡消瘦，肠黏膜有溃瘍或坏死灶，肝、脾、肾肿大，输卵管坏死和增生，卵子偶有变形。腿部关节常发生关节炎，伴发心包炎和腹膜炎。成年禽急性感染的病变，见肝、脾、肾充血肿胀，出血性或坏死性肠炎。心包炎及腹膜炎。在产卵鸡中，可见到输卵管的坏死和增生，卵巢的坏死及化脓，这种病变常扩展为全面腹膜炎。