病菌以卵孢子在土壤中越冬和渡过不良环境,第二年春天遇合适条件即可萌发产生孢子囊,并释放出游动孢子或直接生产芽管侵入寄主,或以菌丝体在病残组织中或腐殖质上过腐生生活,次春产生孢子囊游动孢子侵染幼苗,造成幼苗发病猝倒。病菌借雨水和灌溉水进行传播,施用带菌肥料、移栽等农事活动也能传播病菌。辣椒猝倒病的主要发病盛期在12月至翌年2月。年度间早春温度偏低、多阴雨、光照偏少的年份发病重;苗床间排水不良、通风不良,光照不足,湿度偏大的发病重;苗床土壤中含有机质多、且施用了未腐熟的粪肥等不利于幼苗根系的生长和发育,也易诱导辣椒猝倒病发生。育苗期应严格控水,浇水时要小水勤浇。