苗期发病，茎基部呈暗绿色水浸状软腐或摔倒，茎基部呈黑褐色，幼苗枯萎而死。叶片染病，病斑圆形或近圆形，直径2～3厘米，边缘黄绿色，中央暗褐色。果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑，迅速变褐软腐，湿度大时表面长出白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果，残留在枝上。茎和枝染病，病斑初为水浸状，后出现环绕表皮扩展的褐色或黑褐色条斑，病部以上枝叶迅速凋萎。
辣椒疫病在整个作物生长期都能发病，幼苗期多从茎基部开始染病，病部出现水渍状软腐，病斑暗绿色，病部以上倒伏。成株期常以叶片、茎部和果实发病重，叶片发病多在叶缘和叶柄连接处，出现不规则暗绿色病斑，湿度大时可见白色霉层，严重时造成叶片软腐。染病幼苗茎基部呈水浸状软腐，致上部倒伏，多呈暗绿色，最后猝倒或立枯状死亡。定植后叶部染病，产生暗绿色病斑，叶片软腐脱落；茎染病亦产生暗绿色病斑，引起软腐或茎枝倒折，湿度大时病部可见白霉。花蕾被害迅速变褐脱落。果实发病，多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水渍状不规则形病斑，很快扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。
辣椒疫病对产量、品质影响极大，严重时减产50%以上。辣(甜)椒疫病主要为害叶片、果实和茎，特别是茎基部最易发生。成株染病，叶片上出现暗绿色圆形病斑，边缘不明显，潮湿时，其上可出现白色霉状物，病斑扩展迅速，叶片大部软腐，易脱落，干后成淡褐色。茎部染病，出现暗褐色条状病斑，边缘不明显，条斑以上枝叶枯萎，病斑呈褐色软腐，潮湿时斑上出现白色霉层。果实染病，病斑呈水渍状暗绿色软腐，边缘不明显，潮湿时，病部扩展迅速，可全果软腐，果上密生白色霉状物，干燥后变淡褐色、枯干。
