梨树的根系与桃树、苹果相比，分布深而稀少。其生长因树龄、栽植密度和土壤条件而异。一般情况下，梨根系分布在深100厘米左右的土层内。沙壤土因通气良好和土壤肥沃，有利于根系发育；而粘重土壤则限制根系生长。在胶泥层的梨园，根系生长更受阻碍。梨树的吸收根主要分布在20至40厘米深的土层。疏松肥沃的表层土壤和上移坚硬的犁底层会导致根系上移，降低抗旱性。
不同砧木对梨根系生长有显著影响。例如，以山梨为砧的锦丰梨根系密集，而以杜梨为砧的则根系稀疏。成龄梨树一年中有两次根系生长高峰，分别是在新梢生长旺盛后和果实采收后。根系的生长受温度、水分、土壤通气、矿质营养和树体营养状况的影响。
土壤管理的重点在于促进根系生长发育。地面覆盖秸秆可在夏季降温、冬季保温，有利于表层根的发育；深翻深锄改良土壤有助于深层根的发育。适当的施肥和灌水可促进根系发育，改善树体的水分和矿质营养状况。春季根系生长对当年果实产量和品质至关重要，而秋季生长则有利于树体积蓄养分，为次年的开花、坐果和叶幕形成奠定基础。过度负载导致树体营养亏损，影响根系发育和吸收功能，导致树体进入衰弱和低产的恶性循环。
