花椒树主要病虫害包括锈病、炭疽病、流胶病、斑点落叶病、干腐病、叶斑病、膏药病等病害，以及红蜘蛛、半跗线螨、介壳虫、蚜虫、食心虫、吉丁虫、凤蝶、蜗牛、天牛等虫害。其中，花椒叶锈病广泛分布在陕西、四川、河北、甘肃等省的花椒栽培区。花椒褐斑病初期在叶面出现黄色圆形小斑点，呈水渍状边缘不明显，叶背对应部位呈现退绿斑。花椒窄吉丁主要是幼虫蛀食枝干韧皮部和木质部，3年生树开始受害，树龄越大受害越重。花椒蚜虫4月上旬开始出现，一年繁殖20多代。凤蝶如发生轻微时可人工捕杀幼虫和蛹，大量发生时可喷洒50%敌百虫1000倍液或80%敌敌畏乳剂1000倍液。防治方法包括加强肥水管理、清除病枯枝和落叶杂草、喷洒波尔多液或石硫合剂等药剂，以及针对特定虫害的化学防治措施。