西葫芦灰霉病的防治方法主要以农业防治和化学防治相结合。在农业防治方面，首先要彻底清除前茬的病残落叶及残体，并加强管理。在保护地栽培时，应以提高温度、降低湿度为核心，确保西葫芦叶面不结露或结露时间尽量短暂。具体措施包括推广高畦覆地膜或滴灌栽培法，在生长前期及发病后适当控制浇水，适时晚放风，提高棚温至33°C以上以抑制孢子产生，降低湿度，减少棚顶及叶面结露和叶缘吐水。同时，实行与非瓜类非茄果类作物合理轮作，采取高洼栽培和合理密植，小水勤浇，大雨后及时排水。在棚室内，要小水少肥勤浇，定期清除老叶、黄叶、病叶和病瓜，收获后清除残体并深翻土壤。
在化学防治方面，发病初期可选用30%福·嘧霉可湿性粉剂800-1200倍液、50%咯菌腈可湿性粉剂500倍液、50%嘧菌环胺水分散粒剂800-1000倍液、500克/升氟啶胺悬浮剂1500-2000倍液、50%福·异菌可湿性粉剂800-1000倍液、75%肟菌·戊唑醇水分散粒剂3000倍液、50%多·福·乙可湿性粉剂800-1500倍液或28%百·霉威可湿性粉剂800-1000倍液等喷雾。另外，50%啶酰菌胺水分散粒剂30～50毫升/亩或50%腐霉利可湿粉50～100克/亩，在发病前或发病初期喷雾防治，每隔7～10天使用1次，可连续使用3次。还可以采用嘧霉胺或凯泽进行喷雾，异菌脲或腐霉利也是有效的防治药剂。
此外，采用高畦覆膜嫁接栽培，用黑籽南瓜做砧木，西葫芦苗作接穗，可以增强西葫芦抵抗灰霉病的能力。在农事操作过程中，尽量避免造成伤口，减少病害的人为传播。这些综合措施能够有效控制西葫芦灰霉病的发生和蔓延。
