柑橘黑腐病主要附着在病果上越冬,病菌可潜伏在枝、叶和果实中越冬,在温度、湿度适宜时,借风、雨传播,侵染幼果。黑腐病病菌一般多从脐部侵入,也可以从果皮侵入果肉。柑橘各个品种抗黑腐病的强弱也有分别,如温州蜜柑、南丰蜜橘、福橘易发病。由于果实果面受到损伤造成伤口、孔口,或柑橘肥料不足,或柑橘园排水不良,或柑橘树势衰弱,或果实贮藏期温度偏高、湿度过大等均易引起黑腐病的发生。病菌主要以分生孢子随病果落到地面越冬,也可以菌丝体潜伏于枝叶病部越冬。次年温湿度适宜时,产生分生孢子,借风雨传播。贮藏期的主要侵染源是在果园里已受感染的病果,由接触传染,从脱落的果蒂部或伤口侵入为害。高温多湿有利于此病的发生。排灌不良,栽培管理较差,树势衰弱的柑橘园,或遭受日灼、虫伤、机械损伤的果实,易受病菌侵染。病原菌为柑橘链格孢菌,属链格孢属真菌。病原菌在柑橘枯枝烂果上腐生,分生孢子靠气流传播。对于温州蜜柑果实,主要是在果实生长期从果皮伤口入侵;甜橙类果实,病菌以蒂部入侵为主。从果皮伤口入侵时,潜伏期较短,贮藏中期就可出现褐斑型症状。从蒂部、脐部入侵时,潜伏期长,需要到贮藏后期方可出现蒂腐型或心腐型症状。病菌在盛花期就可侵入,但以柱头脱落后的幼果期带菌率最高。在贮藏期间,心腐型的无再侵染。当果实经过一段时间的贮藏,随着果实的成熟与衰老,抗病性降低时才大量发病;果蒂脱落越多,病果越多;果实成熟度越高,发病越重;贮藏温度过低使果实产生冷害时,发病较多。