野生灵芝在采摘时，一般只能采摘到子实体，灵芝的孢子粉几乎不可能收集到。而人工栽培灵芝则能很好地掌握其生长周期，完全能收集到孢子粉。人工种植的灵芝在菌种的选择及种植过程中能有效地控制农药、重金属污染和虫蛀。现代科学研究将野生灵芝与人工栽培灵芝作了客观的比较，结果并非如人们习惯上认为的那样，野生的食物营养价值较人工栽培的高。
从功效成分来看，灵芝的孢子粉是灵芝的最精华部分。在生理活性方面，研究者在进行灵芝对体外肿瘤细胞的杀伤实验时，将野生灵芝粉、人工栽培灵芝粉及人工栽培灵芝粉加孢子粉等三组进行对比发现：野生灵芝与人工栽培灵芝对肿瘤细胞的杀伤能力基本相同，在人工栽培灵芝粉中加入孢子粉后，其杀伤癌细胞的能力增强了10倍，说明孢子粉与灵芝子实体配伍合用能极大地提高灵芝的生理活性。
灵芝采摘时机对其功效影响巨大。灵芝自子实体形成到成熟需数月，在接近成熟时若未及时采收，则有效成分将渐渐降低，最后木质化而失去活性。
