1.农业防治。选用抗病品种，从无病株上留种，播种前进行苦瓜种子消毒；播种后用药土做覆盖土，移栽前喷施一次除虫灭菌剂；幼苗移栽后，喷施新高脂膜，可有效防止地上水分不蒸发，苗体水分不蒸腾，隔绝病虫害，缩短缓苗期，快速适应新环境，健康成长。高温干时应经常浇水，提高田间湿度，减轻蚜虫为害与传毒；喷施增产菌、多效好或新高脂膜等生长促进剂，或喷施磷酸二氢钾、黑皂或洗衣皂混合液1：1：250倍液，5-7天1次，连喷4-5次。
2.药剂防治。防治苦瓜病毒病，目前尚无能根治的好药剂，只能防止病毒的进一步扩展。其一是治好虫，防止病毒借蚜虫和温室白粉虱进行传播，可选用25%阿克泰水分散粒剂6000-8000倍液、70%艾美乐水分散粒剂10000-15000倍液、5%啶虫咪乳油2500-3000倍液，在加入新高脂膜500倍液，重点喷叶背和生长点部位。其二是喷洒病毒钝化剂，如用20%病毒A可湿性粉剂400-600倍液，可增强植株对病毒的抵抗力及耐病性。发病初期用5%菌毒清200-300倍液再加入新高脂膜500倍液喷施1-2次，有一定效果。苦瓜病毒病会导致植株矮化、叶片皱缩，因此在种植时选用抗病品种，生长中加强管理，可喷施增产菌、多效好等生长促进剂提高抗病力。发病后可以选用阿克泰水分散粒剂或艾美乐水分散粒剂等进行控制。
