南瓜病虫害主要有：白粉病、灰霉病、炭疽病、霜霉病、病毒病、枯萎病、叶霉病、疫病、斑点病、细菌性缘枯病等病害，以及蚜虫、地老虎、红蜘蛛、白粉虱、菜粉蝶、黄虫、瓜蝇、夜蛾等害虫。针对不同病虫害需采取相应防治方法。如防治疫病，主要在种植前对种子和土壤消毒灭菌处理，平时加强管理，控制温度湿度。
1.绵腐病。该病害主要侵染南瓜果实，侵染后，果实表面会出现水渍，随后扩展为黄色或褐色的水渍，果实腐烂、潮湿环境中还会长出浓密的白色絮丝。防治方法：在南瓜种植过程中，应注意施用成熟农家肥，并注意田间通风，在发病初期，可喷75%双氯酮800倍液或30%细菌消除500倍液进行防治，每15天喷雾一次，防治效果很好。
2.褐斑病。病害主要危害叶片，形成浸水斑，呈黄褐色或灰白色，边缘褐色，圆形或不规则形状，潮湿环境下严重时会出现稀疏的灰白色霉菌，导致整个叶片变黄死亡。控制方法：在南瓜生长过程中，要做好挖沟排水、防治蓄水等工作，发病后，使用70%甘草酸可润湿粉500倍或60%百菌唑润湿粉500倍液防治效果最好，每7~10天一次。
