南瓜是典型的异花授粉作物，主要依靠昆虫传送花粉。露地栽培的南瓜雌花开放时，蜂蝶等昆虫授粉不成问题，但自然授粉结果率较低，仅为25.9%，而人工辅助授粉结实率高达72.6%。对于南方多雨地区，促进南瓜坐果尤为重要。南瓜花在凌晨开放，以清晨4—6时授粉效果最佳，要求在晴天上午8—9时结束。异株授粉或混合花粉授粉比同株花粉结果率高。
人工辅助授粉具体操作方法：于清晨采摘开放旺盛的雄花，用蓬松的毛笔轻轻地将花粉刷入小碟内，然后蘸取混合花粉轻轻地涂抹在雌花柱头上。也可直接采摘雄花，剥除花冠将花粉涂抹于花柱头。遇阴雨天，则在开花前1天用发夹夹住雌花花冠，同时采摘雄花蕾放在室内，在保湿条件下自然开放后授粉，授粉后用发夹夹住防雨。
在保护地栽培中，可以利用“熊蜂”等蜂类进行授粉，无污染，省工。“熊蜂”体长2—4厘米，黑背，白色腹部，与蜜蜂相比较有三个优点：具有独特的震动机构用于传粉，有很强的适应性，能在雨天、10℃以下完成传粉工作，尤其适应低温和低光线，因此更加适合温室作物授粉，每只“熊蜂”每分钟访问17朵花，座果率可达到98%。
