菠菜霜霉病是由一种卵菌引起的真菌病害，主要危害叶片。病菌以菌丝在病叶和种子上或以卵孢子在病残叶内越冬，病斑背面的霉层是病菌的孢囊梗和孢子囊，孢子囊借气流传播和产生新的病斑。结露和高湿度是病菌侵染的重要条件。该病在种植密度大、田间通风不良、低洼积水、低温高湿条件下发病重。
防治方法包括：①避免连作，采用配方施肥技术，施用充分腐熟的有机肥，提高植株抗病力，采用起垄或高畦栽培，雨后及时排水、严禁大水浸灌。②发现中心病株及时拔除，病穴及四周喷淋50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，或喷施25%甲霜灵可湿粉800-1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液进行防治，7-10天1次，共2-3次。
菠菜选择抗性品种，培肥地力，为丰产打好基础。菠菜病害主要是霜霉病和灰霉病，以预防为主，用甲霜灵百菌清和异菌脲效果明显。虫害主要是小菜蛾，蚜虫，菜青虫，跳甲等，5-7天一遍药，可以有效防治。
菠菜病虫害防治措施包括：加强栽培管理，合理密植、科学灌水、降低田间湿度；选择抗病品种，如萨沃杂交种612号、621号、巴恩蒂、鲍纳斯和杜埃特等名优品种，或采用尖叶类型品种；与葱蕊类、禾本科作物轮换移栽；采取多种措施早治蚜虫，入冬前治蚜关键期；早拔除病株，并远到田外深埋或烧毁；初期发病，用20%吗胍.乙铜可湿性粉剂500倍液，或5%菌毒清水剂300倍液喷雾，或0.5%菇类蛋白多糖水剂300倍液，或1.5烷醇.硫酸铜水乳剂1000倍液喷雾防治。
菠菜的主要病害有白斑病，矮花叶病，枯萎病，叶斑病，霜霉病，病毒病等，可用75%的百菌清，甲基托布津等防治；虫害有蚜虫，潜叶蝇，银纹夜蛾等，可用吡虫啉加含菊酯类药防治。发病初期可用70%丙森锌可湿性粉剂250～400倍液，或45%代森铵750倍液，或72.2%霜霉威盐酸盐水溶液600倍液喷雾，每隔6至7天喷1次，连喷2至3次。采收前8天停止用药。
