马铃薯连作障碍表现明显，长期连作后，土壤因同一农艺措施和化肥施用，根系分布范围一致，导致某些养分长期消耗而缺乏，尤其是一些微量元素，使马铃薯产生缺素症状，影响其正常生长发育。连作还使相同病虫害大量积聚，尤其是土传病害和地下害虫，导致病虫害加重。随着连作年限增加，有害真菌的种类和数量增加，土壤中病原菌数量也不断上升。过量施用化肥减少了土壤病原菌的拮抗细菌，增加了土壤传播的病虫害发生。
连作对马铃薯的影响包括：病虫害严重、土壤肥力下降、生长环境退化、品质和产量下降。连作后，根系分泌物中的酚酸类物质对植物生长有严重抑制作用，并刺激有害微生物生长和繁殖，造成连作障碍。马铃薯对钾肥需求量大，缺钾肥会严重影响产量。连作还会引起病害重复侵染，加重病害危害，减弱根系吸收养分能力，加重虫害危害。
马铃薯被认为是土壤洁净作物，适合作为禾本科作物的前茬。其叶冠覆盖面大，不利于田间杂草生长，收获时耕翻土壤可杀死杂草。但多种病害可在土壤中存活多年并传播，连作会加重病害发生，如马铃薯晚疫病。在安排轮作时应避免有相同土传病虫害的作物连作，马铃薯应每隔4年种植一次，最好5～6年。茄科作物因与马铃薯有相同病害侵染，不能作为前茬。
