小麦茎基腐病在苗期表现为烂种、死苗，茎基部叶鞘和茎秆变褐，根部腐烂，严重时导致芽腐或麦苗死亡。发病后，植株茎基部的1-2个茎节变为褐色或巧克力色，潮湿条件下可见红色或白色霉层。随着病害发展，严重病株产生白穗症状，籽粒秕瘦甚至无籽。
小麦根腐病在幼苗期引起芽腐和苗枯，成株期导致根茎部腐烂、叶枯、枯白穗、黑胚等。病种子不能发芽或刚萌发即腐烂。苗期茎基部或幼根出现褐色坏死，茎基部1-2节叶鞘产生褐色条形病斑，近地面叶片上形成椭圆形、浅褐色或褐色小斑。拔节后至成株期，茎基部条形病斑扩展，茎秆呈深褐色，严重时引起白穗影响结实，叶片上产生浅褐色、椭圆形至梭形病斑，后期病斑中间枯黄，上生黑色霉状物，病情扩展快时，病斑融合形成大斑致使叶片提早枯死。灌浆期在颖壳或穗轴上产生褐色不规则病斑，颖壳上菌丝侵染种子后，种子胚部变成深褐色，出现黑胚粒。
